广航局提出了“一个整体、二个创新支柱、三个创新层次、四个主体结合”的“1234”科技创新组织责任体系，实现多层次、跨主体的多级联动创新。

一个整体：广航局

二个创新支柱：设研院、测绘公司

三个创新层次：本部、技术中心、二级单位

四个主体结合：本部、二级单位、项目部、挖泥船

广航局建立了“决策-咨询-统筹-实施-应用”的创新管理过程。

以技术委员会为科技创新和技术进步工作的决策机构；

以专家委员会为科技创新和技术进步工作的科技咨询机构；

以技术中心为科技创新、技术服务的主体；

重点研发项目实施主体，在科数部的指导统筹下，为重大技术方案提供重要支撑，为生产经营提供支撑与保障；

二级单位与直营项目部分别负责成果应用。